Полагаю, что в первом случае физ. лицо-лицензиар (владелец патента) будет платить подоходный налог, а юр.лицо-лицензиат будет платить налоги в обычном порядке в соответствии с установленной для него схемой налогообложения (от дохода или от прибыли). Безусловно, юр.лицо-лицензиат может учесть эти расходы (лицензионные платежи в виде роялти или паушальных), относя их на стоимость производимой по патенту продукции.
Аналогично, во втором случае, если юр.лицо-лицензиар (патентообладатель) предоставляет лицензию другому юр.лицу (лицензиату), первое получает доходы от продажи лицензии, платя с них налоги, а второе учитывает расходы на лицензионные платежи, относя их на стоимость производимой по патенту продукции.
При этом у юр.лица-патентообладателя патент учитывается по балансу как нематериальный актив и амортизируется в течение срока действия этого патента (для изобретения – 20 лет, для полезной модели максимально 10 лет, для промышленного образца максимально 15лет).
Случай же предоставления лицензии физ.лицу трудно прокомментировать, т.к. физ.лицо не может быть производителем продукции. Для этого оно должно быть зарегистрировано в качестве индивидуального предпринимателя(ИП), либо предоставить сублицензию законному участнику гражданского оборота - юр.лицу или ИП, в отношении которых комментарий дан выше.