1. Может ли другая организация разработать подобную программу и дать ей такое же название, исполненное чуть по другому, с учетом того, что название представляет собой неохраняемый элемент.
Если словесный элемент в знаке Вашей фирмы состоит из двух слов, написанных через дефис (например, "soft-line", а другая фирма начнет использовать его в виде "softline"), то при неохраняемости этого словесного элемента предъявить претензии к использованию самого словесного элемента нельзя.
В то же время, это зависит от степени заимствования графического исполнения словесного элемента, т.к. в Вашем знаке защищена именно графика этого элемента. Если другая фирма будет использовать этот словесный элемент даже в слитном виде, но в тождественном или схожем до степени смешения исполнении, Ваша фирма вправе предъявить претензии. Это обусловлено тем, что потребитель будет вводиться в заблуждение в отношении владельца знака, т.к. при совпадающей графике наличие дефиса не имеет существенного значения. Другое же графическое исполнение этого словосочетания третьим лицом не даст Вам возможности предъявить претензии.
То же касается случая выполнения этого словосочетания в Вашем знаке стандартным шрифтом, что также не помешает использовать его другими лицами стандартным шрифтом или в любом другом исполнении.
2. Как зарегистрировать это буквосочетание, чтобы запрещать его использование другим лицам?
Полагаю, что именно защита и использование в характерном графическом исполнении даже неохраняемого словесного элемента позволит защитить его от незаконного использования. Ваша фирма будет выводить программный продукт на рынок именно в таком исполнении обозначения, указывая его на продукции, рекламе, упаковке и т.д. При этом у потребителя будет формироваться устойчивая связь между этим обозначением и Вашей фирмой, как это имеет место, например, в отношении логотипа "1С" известной фирмы. При неохраняемости самого этого буквенно-цифрового элемента выполнение его в определенной цветовой гамме и графическом исполнении не позволяет путать его с другими обозначениями, а подделки под него сразу видны. Если словесный элемент в Вашем знаке выполнен нестандартным шрифтом, т.е. именно в определенном графическом исполнении, Вы вправе продвигать и защищать его от незаконного использования.
Несомненно, лучшим было бы использование охраняемого (например, фантазийного словесного элемента), что защищает от его использования третьими лицами даже при попытках графически изменить его. Так что если есть возможность несколько доработать словесный элемент, не меняя принципиально, а затем защитить его, это было бы лучшим выходом. При этом ничто не мешает владельцу знака регистрировать измененное выполнение знака.