Написанную Вами программу можно защитить путем регистрации (депонирование) ее исходного текста в Управлении авторского права Госдепартамента. Программу (исходный текст) можно представить для регистрации как в полном объеме, так и в виде фрагментов основных частей (например, начала и конца). Это целесообразно при большом объеме текста. В заявке на регистрацию программы нужно будет указать использованные Вами программы других владельцев (технологии Macromedia Flash и 3D Max).
Регистрация исходного текста в Вашем случае, насколько я понимаю, является единым средством защиты программы, потому что патент можно получить только на техническое решение, а не на программный продукт в чистом виде. В то же время, если представить Ваше предложение в виде, например, блок-схемы управляющих устройств, то в таком виде предложение будет рассматриваться как техническое решение и при наличия новизны может быть запатентовано.
Защита от копирования программы при ее регистрации будет осуществляться путем сравнения текстов программ (авторской и пиратской), для чего потребуется вывод специалиста. Компенсации могут быть рассчитаны, например, исходя из объема выпущенного контрафакта.
Для понимания того, каким образом можно защитить программный продукт в виде патента, можно посмотреть в поисковых базах Укрпатента или Роспатента ( соответственно сайты www.base.ukrpatent.org/searchinv и www.fips.ru). Несомненно, патентная защита принципиальной идеи разработки позволит более эффективно защищать ее от копирования, поскольку, в отличие от авторского права, будет защищаться не сам текст программы от копирования, а основное техническое решение.