Компьютерную программу можно защитить путем регистрации (депонирования) ее исходного текста в Госдепартаменте интелектуальной собственности.
Программу (исходный текст) можно представить для регистрации как в полном объеме, так и в виде фрагментов основных частей (основных, например, начала и конца, главное, чтобы код давал однозначное представление о конкретной программе). Это целесообразно при большом объеме текста. В заявке на регистрацию программы нужно будет указать использованные Вами программы других владельцев (технологии Macromedia Flash и 3D Max). Регистрация исходного текста в Вашем случае, насколько я полагаю, является единственным средством защиты программы, т.к. патент можно получить только на техническое решение, а не на программный продукт в чистом виде.
В то же время, если представить Ваше предложение в виде, например, блок-схемы управляющих устройств, то в таком виде предложение будет рассматриваться как техническое решение и при наличии новизны может быть запатентовано. Защита от копирования программы при ее регистрации в Госдепартаменте будет осуществляться путем сравнения текстов программ (авторской и пиратской), для чего потребуется заключение специалиста. Компенсации могут быть рассчитаны, например, исходя из объема выпущенного контрафакта.
Для понимания того, каким образом можно защитить программный продукт в виде патента, можно посмотреть в качестве примера уже запатентованные технические решения в поисковых базах Укр- или Роспатента. Несомненно, патентная защита принципиальной идеи разработки позволит более эффективно защищать ее от копирования, поскольку, в отличие от авторского права, будет защищаться не сам текст программы от копирования, а основное техническое решение.